税务数字账户农产品发票的抵扣勾选操作针对的是开票日期为受票企业成为“用票试点企业”次月1日后的农产品类发票。即开具日期在此之前的不支持在电票平台进行农产品业务抵扣勾选操作，可以填写申报表-附表二第六栏（农产品收购发票或销售发票）进行抵扣操作。下面我们就来详细讲解具体的勾选流程。
打开电子税务局，功能菜单依次选择【我要办税】-【税务数字账户】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】。农产品发票分为待处理农产品发票与无需处理直接进行抵扣勾选的农产品发票。
选择待处理的农产品发票，会出现自产农产品销售发票（此处专指税控系统开具的普票，如果是全电开具的自产农产品销售发票，则该发票可以直接进行抵扣勾选），和从小规模处购进的3%农产品专票两个选项。如果选择点击【自产农产品发票】-【开票日期（起/止）】和【是否处理】-【查询】，即出现如下界面，
选择农产品销售发票类型，勾选并提交；再依次选择点击【抵扣勾选】-【开票日期（起/止）】和【勾选状态】-【查询】，出现如下界面进行勾选。
如果选择点击【从小规模处购进的3%农产品专票】，会出现如下提示，
关闭该提示信息后，选择【开票日期（起/止）】和【是否处理】-【查询】，据实选择类型，如下图，
提交成功后即可进入勾选页面进行勾选。
无需处理的农产品发票是指9%的农产品专用发票，可以直接勾选。最后，需要注意的是税务机关代开的农产品发票需要先到【抵扣勾选】-【代开农产品发票录入】进行补录后，再到【待处理农产品发票】功能处理后进行勾选。
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